在省委、省政府的高度重视和关怀下，在社会各界的共同支持下，促进会于2009年9月10日在广州举行成立大会。中共中央政治局委员、省委书记汪洋会见了出席促进会成立大会的全体代表。省长黄华华到会祝贺并发表了讲话，为新当选的促进会顾问、名誉会长、会长等颁发了荣誉证书。
　　大会由副省长万庆良主持，全国人大华侨委员会主任委员高祀仁、国务院港澳办副主任周波、省人大常委会副主任钟阳胜、省政协副主席汤炳权、香港特区政府政务司司长唐英年、澳门特区政府经济财政司司长谭伯源、香港中联办副主任黎桂康、澳门中联办副主任高燕，以及来自粤港澳三地的商会、行业协会、专家学者300余人参加了成立大会。
　　汪洋代表省委、省政府对促进会的成立表示热烈祝贺，对长期关心、支持和推动粤港澳更紧密合作的各界人士表示衷心感谢。他指出，党中央、国务院高度重视粤港澳合作，粤港澳合作促进会成立是贯彻落实中央战略部署的具体体现，也是贯彻落实《规划纲要》的重要举措。汪洋对促进会的发展提出了三点殷切希望。一是希望促进会努力成为粤港澳各界与广东各级党委、政府的“传声筒”，积极反映各界关于加强合作的意见和建议，提高政府决策科学性、针对性。二是希望促进会要当好促进粤港澳各界合作的“加油站”，努力促进粤港澳合作的各项政策、举措在实践中得到落实与深化。三是希望促进会要当好粤港澳各界特别是经济界合作的“发动机”，要注重发挥市场手段，推动市场主体加强合作，实现互利共赢，共同发展。汪洋要求促进会要认真谋划工作重点，充分发挥会员作用，精心组织策划一批有影响力的活动，努力把促进会打造成为三地民间交流合作的桥梁和纽带，在积极推动粤港澳更紧密合作中大展鸿图。
　　黄华华在讲话中表示，促进会的成立，是创新粤港澳合作方式的重大举措。他说，要实现《规划纲要》确定的粤港澳发展目标、保持三地长期繁荣稳定，就要在合作方式、合作内容上有所创新，有所突破。除了要继续加强政府层面的合作，还要积极推进三地民间的交流合作，吸纳民间智慧，整合民间资源，提升合作的广度和深度。黄华华强调，促进会的成立，为深化粤港澳合作发展搭建了新的平台，将成为联结友谊的纽带，广泛联系粤港澳各界人士；成为促进合作的平台，积极推进三地经济、科技、文化、教育、民生等领域的合作；成为沟通协作的桥梁，向港澳各界人士介绍我国内地和我省改革开放、经济建设和社会发展等情况；成为服务业界的典范，积极为业界排忧解难，维护业界权益。
　　大会听取了筹备工作情况报告，讨论并通过了促进会章程，选举产生了理事会、会长、副会长、常务理事以及监事会等，决定了聘任顾问、名誉会长、名誉副会长、名誉常务理事人选。促进会新当选的首任会长李文岳向大会介绍了促进会定位、组织机构、会员组成等情况，明确了下一阶段工作的思路和重点。